Die Kreuzkirchengemeinde entstand 1964 durch Ausgemeindung aus der Maria-Magdalenen-Kirchengemeinde in Kiel-Elmschenhagen und der St. Michaeliskirchengemeinde Kiel.

Der erste zuständige Pastor dieser neuen Gemeinde war Pastor Dr. Mehnert. Seit 1965 bestanden Überlegungen, eine eigene Kirche und Gemeinderäume zu bauen, aber mit dem Bau wurde nicht begonnen, weil die Planungen für die Baukosten ins Unermessliche stiegen. Zunächst wurde das Pastorat gebaut.

Im Jahre 1971 übernahm Pastorin Rohrandt die Pfarrstelle, die sie bis 1978 inne hatte. 1972 schlug der Kirchenvorstand eine kostensparende Lösung vor – das jetzige Gemeindezentrum. Auf diese Weise konnte man dem Bedürfnis sowohl nach einem Kirchbau als auch einem Gemeindehaus entgegenkommen. Auch stand hinter dem Konzept des Baues eines Gemeindezentrums der Gedanke Pate, dass der Gottesdienst vom übrigen Leben nicht getrennt sein dürfe. Der Abstand der Menschen zur Heiligen Schrift und zur Liturgie müsse nicht nur verringert, sondern das Unterscheiden zwischen „sakral“ und „profan“ zwischen Sonntag und Alltag müsse als Akt der Demokratisierung der Kirche architektonisch sichtbar aufgehoben werden. Deshalb weist das Gemeindezentrum, das am 1. Februar 1976 eingeweiht wurde, keinen Kirchturm auf, sondern lediglich einen gesondert stehenden, erst später gebauten Glockenturm. Der bewusst schlicht gehaltene Altarraum bildet den Mittelpunkt des Gebäudes, dessen Räumlichkeiten runde Formen aufweisen.

Im Laufe der Jahre sind weitere gestalterische Elemente in den Kirchbau eingefügt worden, so z.B. die Kunstglasfenster, die unter Mitwirkung des Kreuzkirchenbauvereins angeschafft werden konnten und dem Gottesdienstraum einen besonderen Akzent verleihen.

Von 1978 bis 1990 hatte Pastor Dr. Hans-Joachim Ramm die Pfarrstelle für 12 Jahre inne.

Ihm folgte bis Anfang 2010 Pastor Joachim Mallek, der den Dienst in den ersten vier Jahren zusammen mit seiner Frau Andrea versah.

Am 01. Oktober 2010 übernahm Pastor Ostermann-Ohno die Pfarrstelle, verließ sie allerdings  Anfang Oktober 2012 wieder, um die Ökumenepfarrstelle im Kirchenkreis Hamburg-West/Südholstein zu übernehmen, mit der sich ein Lebenswunsch für ihn erfüllte. 

Am 01. Juli 2012 übernahmen Frau Pastorin Susanne Lau und Herr Pastor Dr. Wolfgang Lau die Pfarrstelle der Kreuzkirchengemeinde Kiel.Mit ihnen hat der Kirchengemeinderat eine Gottesdienstreform, eine Reform der Konfirmandenarbeit sowie eine Renovierung des Gemeindezentrums vorgenommen.